El área de ordenamiento territorial busca activar procesos de participación ciudadana para la generación de propuestas de planificación y gestión del territorio, de manera participativa y multiescalar. Además, esta área complementa con en aspectos técnicos con la aplicación de tecnologías de modelación y consideración de beneficios ecosistémicos, lo que permita proyectar escenarios para la toma de decisiones público-privadas en los procesos de planificación espacial.

De esta manera se ha contribuido en ejercicios de planificación territorial a escala local, comunal, provincial y regional involucrando un enfoque ecosistémico, desarrollando a su vez un sinnúmero de iniciativas de conservación efectiva con impacto territorial en torno a la gestión de estas áreas.

Algunas de las iniciativas que se han llevado adelante corresponden al establecimiento de figuras de conservación y/o administración en sitios de algo valor ambiental, lo que nos ha permitido trabajar en al menos 9 alternativas para la protección efectiva de ecosistemas. Logrando avances en el establecimiento de figuras como: Santuario de la Naturaleza, Espacio Costero Marino de los Pueblos Originarios, Sitios Ramsar, Bien Nacional Protegido, Concesiones Marítimas, administración de Sitios Fiscales, Humedales Urbanos, Área Marina Protegida y administración de predios privados para la conservación.